纳灵-4'-葡萄化物作为一种新药候选剂,用于对抗COVID-19 Omicron变种:基于分子对接,分子动力学,MM/PBSA和MM/GBSA的研究

科学领域:

• 计算化学和药物发现
• 病毒学和传染病学.
• 生物化学和分子生物学.

背景情况:

• 由于其独特的尖端蛋白突变,COVID-19 Omicron 变种带来了持续的挑战.
• 识别针对尖端 (S1) 受体结合域 (RBD) 的新兴抑制剂对于开发新的抗病毒策略至关重要.
• 自然生物活性化合物 (NBC) 具有已确定的体外活性是药物发现的有希望的来源.

研究的目的:

• 以计算方式选天然生物活性化合物 (NBCs),以检测它们的潜力,以抑制COVID-19 Omicron变体的尖端 (S1) 受体结合域 (RBD).
• 用分子对接和分子动力学模拟来评估排名最高的NBC的结合亲和力和稳定性.
• 根据分析,确定COVID-19治疗的有前途的候选药物.

主要方法:

• 从ZINC数据库对Omicron S1-RBD进行170,906个NBC的虚拟选.
• 进行了分子对接,分子动力学 (MD),MM/PBSA和MM/GBSA计算.
• 雷梅西维尔被用作比较分析的参考药物.

主要成果:

• 四个NBC对S1-RBD表现出高亲和力 (亲和力能量<-7kcal/mol),包括ZINC000045789238 (纳林根-4-O葡萄化物).
• 纳灵-4 -O 葡萄胺表现出稳定的复合物形成,有利的结合自由能量 (-3.74 kcal/mol MM/PBSA, -15.65 kcal/mol MM/GBSA) 和显著的结合.
• 这种化合物与Omicron S1-RBD中的关键残留物 (Asn417,Ser494,Ser496,Arg403,Arg408,His505) 形成了键.

结论:

• 纳灵-4-O葡萄化物已成为一种非常有前途的天然化合物,用于抑制Omicron变异的S1-RBD.
• 该化合物的强大的结合相互作用和稳定性表明其作为COVID-19治疗剂的潜力.
• 需要进一步的体外和临床前研究来验证这些计算发现.