CRUMB:一种基于闪光的应用程序,用于使用FLIC系统分析Drosophila的节奏食
Sergio Hidalgo1, Joanna C Chiu1
1Department of Entomology and Nematology, University of California Davis, Davis, California, 94534, USA.
F1000Research
|July 3, 2023
概括
研究人员开发了Circadian Rhythm Using Mealtime Behavior (CRUMB),这是一款用户友好的应用程序,用于分析果的食模式. 这种工具增强了对昼夜节律和时间营养的研究,促进了健康跨度研究.
科学领域:
- 时间生物学 时间生物学
- 营养神经科学 营养神经科学
- 德洛索菲拉 (Drosophila melanogaster) 的研究研究
背景情况:
- 节律性食对于调节昼夜节律和促进健康发展至关重要.
- 对果的食行为进行高通量分析是有限的,因为缺乏有效的工具.
- 现有的监测系统,如飞行液体-食品相互作用计数器 (FLIC),需要更好的数据分析工具包,以提高可扩展性和可重复性.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的Shiny应用程序,CRUMB,用于分析FLIC生成的养数据.
- 提供一个简化的管道,用于对食禁食节律的昼夜分析.
- 提高Drosophila节律性食物摄入的高通量分析的效率和可重复性.
主要方法:
- 开发了CRUMB,一个使用"plotly"和"DT"包进行交互式数据可视化和表格的闪亮应用程序.
- 集成的FLIC总代码来检索养事件并简化昼夜分析.
- 通过更换基础R函数以更快的数据处理替代方案来优化计算时间.
主要成果:
- CRUMB允许对原始养数据进行交互审查,并生成可操作的图表和表格.
- 该应用程序为昼夜分析提供了一个简化的管道,方便研究食禁食节奏.
- 优化的数据处理提高了从FLIC系统分析大数据集的效率.
结论:
- CRUMB是一个高效和用户友好的工具,用于分析来自FLIC系统的Drosophila养行为数据.
- 预计该应用程序将促进研究食禁食节奏,作为昼夜时钟的强大输出.
- CRUMB促进了时代生物学研究中的可复制性和可扩展性.
