mEMbrain:一种交互式的深度学习 MATLAB 工具,用于商品桌面上的连接式细分
Elisa C Pavarino1, Emma Yang1, Nagaraju Dhanyasi1
1Department of Cellular and Molecular Biology, Harvard University, Cambridge, MA, United States.
Frontiers in neural circuits
|July 3, 2023
概括
mEMbrain是一个用户友好的,开源的 MATLAB 软件,用于细分电子显微镜数据集,加速连接学研究. 它提供了无需编码的神经重建的工具,使高级分析更容易获得.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 计算生物学 计算生物学
- 图像分析 图像分析
背景情况:
- 康涅狄格依赖于从电子显微镜 (EM) 数据中重建神经电路.
- 使用深度学习的自动细分方法已经推进了EM数据分析.
- 需要为神经科学图像分析提供可访问的开源工具.
研究的目的:
- 介绍mEMbrain,一个基于MATLAB的交互式软件,用于标记和细分EM数据集.
- 提供用户友好的工具,用于连接经济学研究中的高级分析.
- 为了加快手动标签和为MATLAB用户提供半自动细分.
主要方法:
- 开发了mEMbrain,这是一个具有图形用户界面的MATLAB软件,适用于Linux和Windows.
- 集成的mEMbrain与VAST工具用于基础真相生成,预处理和深度神经网络训练.
- 在各种物种,尺度和发育阶段的不同EM数据集上测试mEMbrain.
主要成果:
- mEMbrain 简化了 EM 数据集的用户友好的标签和细分.
- 提供了一个有价值的EM资源,在五个数据集中提供了180小时的专家注释.
- 发布了四个预先训练的网络,以支持连接经济学研究.
结论:
- mEMbrain为基于实验室的神经重建提供了一个无代码解决方案,提高了连接学的可访问性.
- 该软件和提供的资源旨在加快连接经济学研究的步伐.
- 为MATLAB用户提供半自动细分工具,以进行高效的数据分析.
