评估拉丁裔儿童急性淋巴细胞白血病的基因组多基因风险评分

科学领域:

• 遗传学 遗传学 是一个
• 儿科瘤学 儿科瘤学
• 癌症流行病学 癌症流行病学

背景情况:

• 儿童急性淋巴细胞白血病 (ALL) 是最常见的儿科癌症.
• 多基因风险评分 (PRS) 模型,特别是基因组 PRS,对复杂疾病预测有前途.
• 现有的ALL PRS模型尚未全面评估,特别是对于像拉丁裔 (LAT) 儿童这样的代表性不足的人群,他们在美国的风险最高.

研究的目的:

• 用不同的全基因组关联研究 (GWAS) 数据集构建和评估儿童ALL的基因组PRS模型.
• 评估这些PRS模型在非拉丁裔白人 (NLW) 和LAT儿童中的可转移性和性能.
• 将基因组PRS模型的预测准确度与ALL风险的传统模型进行比较.

主要方法:

• 开发了基因组PRS模型,利用NLW和多祖先队伍的GWAS数据.
• 在持有NLW和LAT儿科样本中评估PRS模型性能 (伪R2).
• 在只有NLW,只有LAT和多祖先GWAS数据上训练的PRS模型的性能比较.
• 对比基因组PRS模型的准确性与包含所有已知的ALL相关位点的常规模型.

主要成果:

• 基因组PRS模型显示了NLW和LAT儿童之间的可比预测性能 (伪R2 ≈0.06-0.086).
• 在只使用LAT (伪R2 ≈ 0.116) 或多祖先GWAS数据 (伪R2 ≈ 0.131) 进行训练时,LAT儿童的PRS模型准确性得到改善.
• 最好的基因组PRS模型没有超过传统模型 (PseudoR2 ≈ 0.166),其中包括无法访问的GWAS群体的基因位点.

结论:

• 需要更大,更具包容性的GWAS来增强基因组PRS在儿童ALL预测中的实用性.
• 跨种群的类似表现表明,ALL具有潜在的寡原性架构,具有共享的大效果位置.
• 未来的PRS开发可能会从无限因果位置假设之外的替代建模假设中受益.