驱动转移性前列腺癌的非编码监管区域的整合性识别
Brian J Woo1,2,3, Ruhollah Moussavi-Baygi1,2,3, Heather Karner1,2,3
1Department of Biochemistry & Biophysics, University of California, San Francisco, San Francisco, California, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 3, 2023
概括
科学家们确定了导致前列腺癌进展的关键非编码突变. 他们的新框架使用计算和实验方法来找到这些关键的调节区域,发现转移性割抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 的新治疗点.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症生物学 癌症生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 大规模测序专注于编码基因组,但非编码变体对癌症有重大影响.
- 非编码区域调节基因表达,可以驱动瘤的进展.
- 转移性割抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 需要了解非编码突变.
研究的目的:
- 开发和应用一个整合性框架来识别导致癌症进展的反复变异的非编码监管区域.
- 系统地检测和验证mCRPC中的驾驶员监管区域.
主要方法:
- 全基因组测序 (WGS) 对mCRPC队列的分析.
- 在功能性非编码突变的In silico优先级.
- 在异种移植模型中进行大规模并行记者测定和体内CRISPR干扰 (CRISPRi) 屏幕.
主要成果:
- 在mCRPC中确定了许多反复突变的非编码区域.
- 发现的增强剂GH22I030351调节SF3A1和CCD157的表达.
- SF3A1和CCDC157促进瘤生长;SOX6被提名为一个关键的转录因子.
结论:
- 综合计算和实验方法有效地检测癌症进展的非编码驱动因素.
- 已确定的非编码调节区域和相关基因代表了mCRPC的潜在治疗点.
