在子生命之树中,基于超保守元素的矩阵和植物转录组数据集之间的一致性
Carlos E Santibáñez-López1, Andrés A Ojanguren-Affilastro2, Matthew R Graham3
1Department of Biology, Western Connecticut State University, Danbury, CT, 06810, USA.
对子转录组和超保存元素 (UCE) 的基因组学分析解决了进化关系. 这项研究确立了新家族Anuroctonidae,澄清了子系统学.
科学领域:
- 节肢动物系统学和植物遗传学
- 蜘蛛的进化生物学
背景情况:
- 传统的子系统学依赖于形态学,但最近的族系学揭示了非单体的高分类.
- 对于一些蜘蛛系的转录组和超保守元素 (UCE) 基因组假设之间存在差异.
- 由于有限的分类学采样,Chactidae家族在族系遗传解析方面表现出持续的挑战.
研究的目的:
- 为了比较来自转录基因与子中UCE数据集的基因信号.
- 重新评估Chactidae家族的单系和系遗传位置.
- 建立一个新的家族,Anuroctonidae,改进子系统学.
主要方法:
- 从现有的和新生成的子转录组和基因组中获取超保存元素 (UCE).
- 独立地使用转录基因和UCE数据集重建了家族遗传树.
- 在分析中纳入了一种额外的长鱼物种,以加强长鱼类的分类学采样.
主要成果:
- 两种基因组规模数据集 (转录组和UCE) 都始终恢复了非常相似的遗传学拓.
- 查克提科家族被发现是副类的,主要是由于Nullibrotheas allenii的放置.
- 发现Anuroctonus属是不同的,需要它自己的分类学家族.
结论:
- 转录和UCE数据为子进化研究提供了一致的家族遗传信号.
- 查克提科的类属性需要进行分类学修订.
- 新家族Anuroctonidae的建立代表了解决子系统学的关键进步.
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