在乳牛亚临床乳腺炎感染时,对乳腺体细胞进行全转录组映射

科学领域:

• 兽医免疫学 兽医免疫学
• 乳牛的健康状况 乳牛的健康状况
• 分子诊断学 分子诊断学

背景情况:

• 亚临床乳内感染 (IMI) 对奶牛健康构成重大挑战.
• 主体-病原体相互作用和环境因素影响IMI的严重程度.
• 了解宿主免疫反应的分子基础对于管理IMI至关重要.

研究的目的:

• 在健康和亚临床感染的奶牛中分析牛奶体细胞转录组.
• 为了确定主体对Prototheca spp.免疫反应背后的分子机制. 和Streptococcus agalactiae. 这种病毒是
• 通过综合的转录和表型方法,发现用于亚临床IMI检测的枢纽变量.

主要方法:

• 用RNA测序 (RNA-Seq) 来进行牛奶体细胞转录组的分析.
• 用潜伏组件 (DIABLO) 集成转录和表型数据进行生物标志物发现的数据整合分析.
• 网络分析 (Cytoscape cytohubba) 和接收器运行特征 (ROC) 分析以确定诊断生物标志物.

主要成果:

• 针对Prototheca spp.,分别发现了1682个和2427个差异表达基因 (DEG). 和S. agalactiae的感染,分别.
• 在共享的DEG中观察到明显的病原体特异性途径改变,以及核心-乳腺炎反应.
• 综合性方法确定了10个具有优异诊断性能 (准确度>0.87) 的枢纽基因,用于亚临床IMI.

结论:

• 尽管存在病原体特异性差异,但观察到共享宿主免疫转录组对亚临床IMI的反应.
• 识别的枢纽变量显示出在亚临床IMI的查和诊断工具中包含的潜力.
• 基因CIITA因其在调节宿主对亚临床IMI反应中的潜在作用而受到重视.