通过非选择性病毒度方法从废水中进行SARS-CoV-2全基因组测序的强大性能
Emily Segelhurst1, Jonathan E Bard2, Annemarie N Pillsbury1
1Department of Civil, Structural and Environmental Engineering, University at Buffalo, Buffalo, New York 14260, United States.
ACS ES&T water
|July 5, 2023
概括
废水病毒基因组测序有效追踪社区传播. 一个新的过系统增强了高质量的病毒核酸的回收,使严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 和其变体的准确跟踪成为可能.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 基因组流行病学基因组流行病学
背景情况:
- 基于废水的流行病学 (WBE) 对于监测社区级病毒传播至关重要.
- 从废水中获得高质量的病毒核酸回收对于精确的基因组监测至关重要.
- 从废水中检测病毒度的现有方法可能是低效的.
研究的目的:
- 开发和评估可重复使用的触流过系统,用于集中和净化废水中的病毒,用于基因组测序.
- 评估该系统在重症急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 全基因组测序中恢复高质量的病毒核酸的有效性.
主要方法:
- 开发一种可重复使用的接触式流量过系统,用于病毒度.
- 从94个废水样本中提取病毒核酸.
- 使用ARTIC V4.0原始体对SARS-CoV-2的全基因组测序.
主要成果:
- 当COVID-19发病率超过每10万人中33例时,过系统实现了恢复完整或近乎完整的SARS-CoV-2基因组的0.9概率 (>90%覆盖率在10×深度).
- 排序的SARS-CoV-2变种在废水中的丰度反映了来自患者的样本中的趋势.
- 在废水中发现的SARS-CoV-2系不被检测到或在临床测序数据中不足.
结论:
- 开发的触流过系统有效地将废水中的病毒集中到基因组测序中.
- 这种方法可以通过废水分析对SARS-CoV-2及其变体进行可靠的监测.
- 该系统可以适应测序其他病毒,特别是那些存在于低度的病毒.
