来自类物种的染色体特异性高度可变的微卫星标记物的全面全基因组识别和可转移性

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 植物科学 植物科学

背景情况:

• 类水果因其营养价值 (维生素C,黄) 和精油而具有全球意义.
• 简单序列重复 (SSR) 标记在诸如类多年生树木的遗传研究中至关重要.
• 之前在Citrus sinensis和Citrus maxima中进行的SSR调查发现了9个染色体中的标记物.

研究的目的:

• 为了识别和验证的遗传分析高度可变的SSR标志物.
• 为增强遗传多样性研究开发染色体特异性SSR.
• 创建一个强大的基因组工具,用于未来的类繁殖和进化研究.

主要方法:

• 基于通道长度的SSR图案分类.
• 电子PCR (ePCR) 用于在Citrus sinensis和Citrus maxima基因组中进行SSR的in silico验证.
• 在七个果基因组草案中对多态SSR的in silico验证.
• 在24种类的基因型上对129种原料对进行了湿实验室验证.
• 使用17个验证的SSR标志物对181种类型的遗传多样性的分析.

主要成果:

• 在Citrus sinensis和Citrus maxima中确定了跨越九个染色体的完美SSR.
• 已验证的I类SSR具有高放大成功率 (C. sinensis的83.89%,C. maxima的78.52%).
• 选择并验证了高度多态的SSRs (84.74%在C. sinensis中,77.53%在C.maxima中).
• 在湿实验室验证中,使用127个SSR标记物实现了高多态度率 (98.45%).
• 通过使用17种染色体特定的SSRs,成功将181种类基因型分为11个不同的群体.

结论:

• 开发了一套强大的染色体特异性SSR标记器,用于类.
• 这些SSR对于分析遗传多样性和人口结构是有效的.
• 这些标记物为定量特征位点 (QTL) 绘制,分子育种和类和相关品种的进化研究提供了有价值的基因组工具.