nf-百科全书:为染色图库数据独立获取的云端准备管道 蛋白质学工作流程
Carolyn Allen1, Rico Meinl1, J Sebastian Paez1
1Talus Bioscience, Seattle, Washington 98122, United States.
Journal of proteome research
|July 7, 2023
概括
nf-百科全书是一个新的开源管道,用于分析数据独立获取 (DIA) 质谱蛋白质组学数据. 它增强了和蛋白质的量化,在平台上提供可重现的结果.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 数据独立采集 (DIA) 质谱仪能够进行全面的蛋白质组量化.
- 对于DIA蛋白质组学分析存在有限的开源工具,特别是那些使用气相分化 (GPF) 染色图书馆的工具.
- 现有的工具往往缺乏强大的和蛋白质检测和量化能力.
研究的目的:
- 介绍nf-百科全书,一个开源的NextFlow管道用于DIA蛋白质组学数据分析.
- 为了使染色体图书馆可以用于增强的检测和量化.
- 为 DIA 蛋白质组学工作流提供可复制和可扩展的解决方案.
主要方法:
- 开发了nf-百科全书,这是一个NextFlow管道,集成MSConvert,EncyclopeDIA和MSstats.
- 分析了DIA蛋白质组学实验,使用和不使用GPF染色体图书馆.
- 在云和本地平台上进行基准管道可重复性.
- 评估了使用云平行化进行大规模实验的可扩展性.
主要成果:
- nf-百科全书在不同的计算环境中展示了可重现的和蛋白质量化.
- 与MSstats的整合改善了蛋白质水平的定量性能,与单独使用EncyclopeDIA相比.
- 该管道通过利用云计算资源成功扩展到大型实验.
结论:
- nf-百科全书为DIA蛋白质组学数据分析提供了一个强大的开源解决方案.
- 该管道提高了量化准确性和可重复性.
- 它为使用DIA质谱的研究人员提供了一个可扩展和可访问的平台.
