在不同的生长条件下培养的Candida viswanathii中进行RT-qPCR基因表达研究的参考基因的选择和验证
Matheus Martins Daúde1, Ronan Cristhian Teixeira2, Carlos Henrique Cardon3
1Laboratory of Molecular Analyses, Department of Life Sciences, Faculty of Medicine, Federal University of Tocantins, University Campus of Palmas, Palmas, TO, Brazil.
Journal of microbiological methods
|July 7, 2023
概括
确定稳定的基因对准确的RT-qPCR研究在Candida viswanathii中至关重要. 这项研究确定了不同碳来源的基因表达分析的最佳基因对,确保了对这种有前途的脂酶生成酵母的可靠分子数据.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 微生物学 微生物学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 坎迪达 (Candida viswanathii) 脂酶具有重要的工业潜力,但分子水平的生长研究是有限的.
- 定量实时PCR (RT-qPCR) 对于分子研究至关重要,但需要验证的参考基因才能准确.
- 识别合适的参考基因是一个挑战,特别是在缺乏分子研究的物种中.
研究的目的:
- 确定和验证最稳定的参考基因,用于在Candida中的RT-qPCR.
- 为了评估不同碳来源 (橄油,三烯,三氨酸,葡萄糖) 的基因稳定性.
主要方法:
- 在C.viswanathii中分析了11个候选参考基因 (ACT,GPH1,AGL9,RPB2,SAP1,PGK1,TAF10,UBC13,TFC1,UBP6,FBA1) 的表达稳定性.
- 使用了RefFinder工具,整合了geNorm,NormFinder,BestKeeper和Delta-Ct算法进行稳定性分析.
- 通过检查目标脂酶基因 (CvLIP4) 的表达来验证参考基因选择.
主要成果:
- 在分析所有碳来源时,CvACT和CvRPB2被确定为最好的参考基因对.
- 具体的最佳基因基因对因碳来源而异:CvRPB2/CvACT (橄油),CvFBA1/CvAGL9 (三烯),CvPGK1/CvAGL9 (三氨酸),以及CvACT/CvRPB2 (葡萄糖).
- 选择的参考基因对于C. viswanathii. 的RT-qPCR数据的可靠性至关重要.
结论:
- 这项研究提供了必要的验证参考基因,用于准确的基因表达研究在Candida viswanathii.
- 这些发现将促进对C. viswanathii的生长和发展的分子研究,增强其生物技术应用.
- 可靠的RT-qPCR数据可以通过对特定实验条件进行适当的参考基因选择来实现.
