评估用于从环境表面捕获RNA病毒体的rRNA枯竭方法
Yuh Shiwa1,2, Tomoya Baba3,4, Maria A Sierra5
1Department of Molecular Microbiology, Tokyo University of Agriculture, Tokyo, Japan. y3shiwa@nodai.ac.jp.
BMC research notes
|July 7, 2023
概括
这项研究优化了来自建筑环境的RNA病毒组分析,从较低的RNA数量实现了高质量的库. 双重rRNA枯竭 (人类和细菌) 显著提高了病毒在表面的检测灵敏度.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在建筑环境表面对RNA病毒的转录组分析面临着由于RNA产量低和高核糖体RNA (rRNA) 丰度的挑战.
- 优化RNA提取和库准备对于在低生物质样本中敏感的病毒检测至关重要.
研究的目的:
- 评估图书馆质量,rRNA耗尽效率和病毒检测灵敏度,用于从建筑环境表面对RNA病毒的转录分析.
- 确定使用标准套件从低输入RNA (<5 ng) 准备RNA库的最佳条件.
主要方法:
- 利用一个模拟社区和甲胺涂层的桌面RNA.
- 优化了适配器度和PCR周期,用于NEBNext Ultra II定向RNA库准备套件.
- 使用细菌rRNA枯竭的病毒检测灵敏度与人类和细菌rRNA枯竭的组合相比较.
主要成果:
- 通过调整适配器度和PCR周期,从0.1 ng的RNA中获得优质的RNA库.
- 与单独的细菌rRNA耗尽相比,双重rRNA耗尽 (人类和细菌) 增加了病毒占用率的3.4-3.8倍.
- 通过使用标准图书馆准备方法,从室内表面对RNA病毒组进行了成功的甲转录组分析.
结论:
- 对RNA病毒的转录组分析可以从室内表面进行,即使RNA输入低.
- 优化图书馆准备和双rRNA耗尽对于提高建筑环境样本中的病毒检测灵敏度至关重要.
