在银河系和超越银河系的整合性元组学
Valerie C Schiml1, Francesco Delogu1, Praveen Kumar2
1Faculty of Chemistry, Biotechnology and Food Science, Norwegian University of Life Sciences (NMBU), P.O. Box 5003, 1432, Ås, Norway.
我们在Galaxy中开发了三个集成的meta-omics工作流程,与ViMO网络应用程序相结合,以分析微生物社区代谢. 这种方法增强了高质量的微生物基因组的重建,并揭示了活跃的微生物通路.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 奥米克技术使得大规模的微生物社区分析成为可能.
- 整合元基因组学,元转录组学和元蛋白组学 (元基因组学) 可以更深入地了解微生物相互作用和营养利用.
- 银河平台为复杂的生物数据分析提供工具.
研究的目的:
- 介绍三个整合性的元经济学工作流程,以加强多经济学数据的分析和整合.
- 介绍ViMO (Visualizer for Meta-Omics),这是一个用于可视化微生物社区代谢的网络应用程序.
- 改进微生物社区结构和功能的重建和分析.
主要方法:
- 在Galaxy平台内开发了三种集成型meta-omics工作流程.
- 将工作流应用于生物气反应堆中的纤维素降解微生物联盟.
- 利用元基因组学来重建高质量的元基因组组装基因组 (MAG).
- 在MAG上映的metatranscriptomics和metaproteomics数据的整合.
- 使用ViMO网络应用程序可视化MAG,活动途径和功能信息.
主要成果:
- 成功地将工作流应用于一个复杂的微生物联盟,使得多个MAG的恢复成为可能.
- 一个优化的元基因组学工作流改善了MAG质量,通过单个和联合组装以及后装箱复制.
- ViMO有效地可视化了MAG分类,质量,CAZymes,KEGG通路和表达水平 (mRNA和蛋白质).
- 分析揭示了未培养的微生物在生物质降解中的关键作用.
结论:
- 开发的meta-omics工作流和ViMO代表了分析omics数据的重大进步,特别是在Galaxy.
- 优化的元基因组学工作流程促进了高质量的微生物社区重建.
- 这种综合的方法通过结合多个omics数据来增强微生物群代谢的分析.
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