基于面板的突变特征的可靠性,用于在非小细胞肺癌中预测免疫检查点抑制疗效
H C Donker1, K Cuppens2, G Froyen3
1Department of Epidemiology, University Medical Center Groningen, University of Groningen, Groningen, the Netherlands; Global Computational Biology & Digital Sciences, Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, Biberach an der Riß, Germany.
Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
|July 8, 2023
概括
来自向测序的突变特征对于预测非小细胞肺癌中免疫检查点抑制功效是不可靠的. 建议对整个外体或基因组进行测序,以获得准确的治疗见解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症研究 癌症研究
- 免疫治疗是一种免疫疗法.
背景情况:
- 突变特征 (MS) 为免疫检查点抑制 (ICI) 提供治疗见解.
- 预测ICI在非小细胞肺癌 (NSCLC) 的疗效对于治疗选择至关重要.
研究的目的:
- 评估从向测序中MS归因的可靠性,以预测NSCLC中的ICI疗效.
- 为了确定当前的向测序试验是否足以用于关于ICI的临床决策.
主要方法:
- 在126名NSCLC患者中测试了体突变,使用523个癌症基因的基于面板的测序.
- 在101名患者的全基因组测序数据上进行了MS归因的模拟.
- 使用COSMIC v3.3签名解密突变,并测试了一种机器学习分类器.
主要成果:
- 该ICI疗效预测器表现不佳 (精度为0.51,AUC为0.50).
- 假阴性率和错误归因与目标小组大小和小突变组合有关.
- 在模拟证实了针对MS归因的定向测序的问题.
结论:
- 目前针对性面板测序的MS归因对于预测ICI疗效是不可靠的.
- 建议在NSCLC下游分类任务中进行全外体或全基因组测序,以准确地归因MS.
