纳米孔适应性采样丰富了微生物群落中的抗菌素耐药性基因
Danielle C Wrenn1, Devin M Drown1,2
1Department of Biology and Wildlife, University of Alaska Fairbanks, Fairbanks, Alaska, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 10, 2023
概括
环境微生物中抗微生物耐药性 (AMR) 基因的基因监测可以得到改进. 用纳米孔测序进行适应性采样有效丰富AMR基因标,增强公共卫生洞察力.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 基因组监测是指基因组的监测.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 抗菌素耐药性 (AMR) 构成了全球健康的重大风险.
- 环境中的微生物群落含有AMR基因,作为储存库.
- 对这些水库的基因组监测对于了解抗菌药物耐药性动态至关重要.
研究的目的:
- 评估纳米孔测序和适应性采样,以丰富AMR基因特征.
- 在复杂的环境微生物群落中评估适应性采样的有效性.
主要方法:
- 使用纳米孔测序 (MinION mk1B) 与适应性采样.
- 采用了NVIDIA Jetson Xavier GPU和长袖流动电池.使用了NVIDIA Jetson Xavier GPU和长袖流动电池.
- 在模拟环境微生物群体上进行了测试.
主要成果:
- 适应性采样对AMR基因组成进行了持续丰富.
- 目标AMR基因组合在适应性采样中平均高出4倍.
- 适应性采样增加了目标产量,尽管整体测序输出量减少.
结论:
- 纳米孔测序与适应性采样是有效的丰富AMR基因从环境样本.
- 这种方法加强了对AMR的基因组监测工作.
- 改进的缩减少了对公共卫生威胁评估的响应时间.
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