霍克斯德RNA激活癌症转录程序和全基因组超强增强器
Evgeny Deforzh1, Prakash Kharel2, Anton Karelin1
1Department of Neurology, Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
一种新的长非编码RNA,HOXDeRNA,通过取代基因抑制和激活瘤基因来驱动质母细胞瘤. 这种RNA四重复结构是它在脑瘤形成中的关键作用.
科学领域:
- 神经瘤学神经瘤学
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 多形质母细胞瘤 (GBM) 是一种高度恶性脑瘤,起源不明.
- 一种特定的长非编码RNA (lncRNA),LINC01116 (HOXDeRNA),在恶性质瘤中发现,但不是正常的大脑组织.
- 霍克斯德RNA可以将人类的星体细胞转化为类似质瘤的细胞,这表明它在质瘤发生过程中发挥了作用.
研究的目的:
- 研究HOXDeRNA在质细胞命运和转化中的功能的全基因组分子机制.
- 阐明HOXDeRNA如何影响基因表达,并有助于恶性质瘤的发展.
主要方法:
- 用RNA测序 (RNA-Seq) 来分析基因表达.
- 通过RNA净化测序 (ChIRP-Seq) 来分离染色体,以确定HOXDeRNA结合部位.
- 染色体免疫沉测序 (ChIP-Seq) 来评估蛋白质-DNA相互作用,特别是聚合物抑制复合物2 (PRC2) 和转录因子结合.
主要成果:
- 霍克斯德RNA与44种质瘤特异性转录因子的促进体结合,去除PRC2并激活基因表达.
- 关键的神经发育调节器 (SOX2,OLIG2,POU3F2,SALL2) 被HOXDeRNA激活.
- 霍克斯德RNA的RNA四重复结构对于其与EZH2 (PRC2的组成部分) 的相互作用至关重要.
- HOXDeRNA诱导瘤基因激活 (EGFR,PDGFR,BRAF,miR-21) 并建立结质瘤特异性的超级增强剂.
结论:
- 霍克斯德RNA通过其RNA四重复结构克服了关键质瘤调节基因的PRC2介导的抑制.
- 这些发现为了解质细胞发生过程中的星细胞转化提供了一个框架.
- 霍克斯德RNA通过一种新型的RNA依赖机制在驱动质生成中发挥着中心作用.
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