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Novel RNA-Binding Proteins Isolation by the RaPID Methodology
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TarpiD是一个数据库,包含piRNAs的假定和验证的目标
Pooja Gupta1, Gourab Das2, Trisha Chattopadhyay1
1RNAi and Functional Genomics Lab., Department of Life Science, National Institute of Technology, Rourkela-769008, Odisha, India. vivek.iitian@gmail.com.
Molecular omics
|July 10, 2023
概括
皮维相互作用RNAs (piRNAs) 是小RNAs,对于基因组稳定性和基因调节至关重要. TarpiD数据库系统地编译piRNA目标,帮助研究其多样化的生物功能.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 皮维相互作用RNAs (piRNAs) 是小型非编码RNAs,通过转子子沉默对基因组完整性至关重要.
- piRNAs通过转录和转录后调节基因表达,通常通过与PIWI蛋白相互作用来使mRNAs沉默.
- 尽管在动物中发现了成千上万的piRNAs,但由于对准机制的知识有限,人们对其功能了解甚少.
研究的目的:
- 为了解决缺乏对piRNA目标信息的系统存储库的问题.
- 开发一个用户友好的数据库,TarpiD,提供全面的piRNA-target交互数据.
- 促进对piRNA功能和基因调控机制的研究.
主要方法:
- 开发了TarpiD数据库,这是对piRNA-目标相互作用的精心策划的资源.
- 从已发表的文献中收集数据,包括表达,方法,细胞/组织类型和疾病.
- 针对特定piRNA或目标基因查询的搜索和下载功能的实施.
主要成果:
- TarpiD包含来自9个物种的15种方法的28,682个piRNA-目标相互作用.
- 该数据库包括有关目标基因调节,结合区域和相关生物功能的详细信息.
- 信息来自数百种细胞类型和组织,涵盖了各种研究背景.
结论:
- TarpiD为了解piRNA功能和基因调节提供了一个有价值的,集中资源.
- 该数据库通过有效检索piRNA-target交互数据来支持研究.
- 在线访问,TarpiD旨在推进研究piRNA介导的生物过程.
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