在单细胞中分析亚细胞基因表达的SINC-Seq协议
Mahmoud N Abdelmoez1,2, Hirofumi Shintaku3
1Cluster for Pioneering Research, RIKEN, Wako, Saitama, Japan.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|July 10, 2023
概括
我们开发了单细胞集成的核和细胞质RNA测序 (SINC-seq),用于精确的亚细胞RNA分析. 这种微流体方法将核和细胞质RNA从单细胞中分离出来,进行详细的基因表达研究.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 微流体设备可以精确控制单个细胞和分子.
- 目前的方法在亚细胞RNA分析和污染方面存在局限性.
- 单细胞分辨率对于理解细胞异质性至关重要.
研究的目的:
- 引入一种新的微流体方法,用于从单细胞中精确分离细胞质和核RNA.
- 为了使基因表达和RNA局部化在亚细胞区内进行详细的分析.
- 为SINC-seq提供一个全面的协议,与短读和长读测序兼容.
主要方法:
- 开发一个微流体系统,利用水力动力陷和电场控制.
- 单细胞的隔离和血膜的选择性溶解.
- 在保留核的同时,对细胞质RNA进行电泳提取.
- 对RNA测序的离芯片库准备 (Illumina和牛津纳米孔技术).
主要成果:
- 从单个细胞中精确分离细胞质和核RNA的演示.
- 在微流体学中成功应用电场控制用于亚细胞操纵.
- 为短读和长读平台生成RNA测序库.
结论:
- SINC-seq为剖析基因表达和RNA局部化在亚细胞水平上提供了一个强大的工具.
- 这种基于微流体的方法提高了分辨率,并最大限度地减少了单细胞RNA分析中的污染.
- 该协议可从不同的细胞区进行全面的转录组分析.


