人口基因组学揭示了胡上的Xanthomonas perforans的新兴血统
Aastha Subedi1, Laura Belen Tapia de la Barrera2, Melanie Lewis Ivey3
1Department of Plant Pathology, University of Florida, Gainesville, FL, U.S.A.
Phytopathology
|July 11, 2023
概括
一种细菌叶斑病原体Xanthomonas perforans正在扩大以感染胡. 基因分析揭示了番茄菌株的共同血统,这表明胡适应和出现大约在2017年.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 细菌学 细菌学是一门学科.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 番茄中的细菌叶斑的主要原因是Xanthomonas perforans.
- 这种病原体在胡上越来越多地被观察到,这表明潜在的宿主范围正在扩大.
- 关于X. perforans在胡种群中的遗传多样性和演变的研究有限.
研究的目的:
- 研究从胡中分离出来的X. perforans菌株的基因组分离,进化和效应变异.
- 为了比较胡感染X. perforans与其他宿主和地理位置的菌株的遗传关系.
- 了解胡中的X. perforans的进化历史和适应潜力.
主要方法:
- 从佛罗里达州 (2019-2021) 的胡中获得35种X. perforans菌株的全基因组测序.
- 用核心基因来确定遗传关系的植物遗传学分析.
- 分子时钟分析以估计菌株出现时间.
- 对植物生长和对铜的耐受性的评估.
主要成果:
- 所有35种佛罗里达州菌株形成了一个单一的遗传集群,其中包括来自阿拉巴马州和土耳其的胡和番茄菌株,与来自其他地区的番茄菌株密切相关.
- 来自番茄的X. perforans菌株显示,胡叶的生长与胡特定菌株的生长相似.
- 分子时钟分析估计这些佛罗里达菌株在2017年左右出现.
- 所有被测序的菌株都在一个结合性等离子体上拥有avrHah1效应器,这是佛罗里达州的新发现.
结论:
- 番茄上的X. perforans的一个地理上广泛的血统具有感染胡的遗传能力.
- 这项研究确定了X. perforans与胡感染相关的潜在适应性特征.
- 这些发现可以帮助预测病原体的出现,并指导预防性疾病管理策略.
