全转录组测序与ceRNA调节网络的构建和验证在质母细胞瘤中
Zhao-Mu Zeng1,2,3, Yue-Yue Chen4, Xi-Chao Wen2
1Department of Neurosurgery, Jiangxi Provincial People's Hospital, The First Affiliated Hospital of Nanchang Medical College Nanchang 330000, Jiangxi, PR China.
American journal of translational research
|July 12, 2023
概括
这项研究使用全转录组测序确定了质母细胞瘤 (GBM) 中的关键基因和非编码RNA (ncRNA) 分子标记物. 发现hsa-miR-296-5p和hsa-miR-874-5p是竞争性内源RNA (ceRNA) 网络的核心,影响GBM的发展和预后.
科学领域:
- 基因组学和分子生物学
- 癌症研究 癌症研究
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 质母细胞瘤 (GBM) 是一种具有复杂分子基础的侵袭性脑瘤.
- 识别关键的调节基因和非编码RNA (ncRNAs) 对于理解GBM病原体和开发向疗法至关重要.
研究的目的:
- 为了确定关键的基因和ncRNA分子标记在质母细胞瘤 (GBM) 的发展.
- 为GBM构建一个具有竞争力的内源RNA (ceRNA) 网络.
- 探索cRNAs在GBM中的调节机制.
主要方法:
- 整体转录组测序GBM和正常组织.
- 生物信息分析用于识别差异表达的mRNA,miRNA,lncRNA和circRNA.
- 蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 和ceRNA网络的构建.
- 使用RT-qPCR和公共数据库 (TCGA,CGGA) 进行验证.
主要成果:
- 数以千计的差异表达RNAs (DEmRNAs,DEmiRNAs,DElncRNAs,DEcircRNAs) 的识别.
- 丰富分析将目标基因与突触传输和离子运输联系起来.
- 确定了10个参与瘤细胞转移调节的枢纽基因.
- 确定了hsa-miR-296-5p和hsa-miR-874-5p作为ceRNA网络中的中心节点.
- 8DEmRNA与GBM患者的存活时间有显著的相关性.
结论:
- 在GBM中,ncRNAs起着重要的调节作用.
- Hsa-miR-296-5p和hsa-miR-874-5p是GBM ceRNA网络中的关键分子.
- 这些miRNA可能对GBM的发病,治疗和预后都很重要.
关键词:
质母细胞瘤 (glioblastoma) 是一个ceRNA 网络的 ceRNA 网络在hsa-miR-296-5p中使用.这是一个hsa-miR-874-5pp.核心基因 核心基因 核心基因整个转录组的测序.更多相关视频
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