常规养殖猪与牧场养殖猪的肠道微生物组和抗体组

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 动物科学动物科学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 传统的养猪涉及室内住房和更高的抗菌素使用,可能导致抗菌素耐药性.
• 牧场养殖的猪在户外安置,密度较低,具有不同的抗菌素暴露模式.
• 抗微生物药物的使用是抗微生物药物耐药性 (AMR) 的发展和持续的一个已知的因素.

研究的目的:

• 为了比较传统养 (室内) 和牧场养 (室外) 猪的肠道微生物组和抵抗组.
• 为了确定两种生产系统之间的细菌组成,抗微生物耐药性基因 (ARG) 丰富度和功能概况的差异.
• 为特定的ARG和代谢功能提供分类学上下文,使用菌株级元基因组组装基因组.

主要方法:

• 枪支元基因组测序被用来分析这两组猪的肠道内容.
• 细菌物种的丰富性和抗微生物耐药性基因 (ARG) 的流行率被量化.
• 分析了碳水化合物活性酶 (CAZyme) 配置文件和元基因组组装基因组 (MAG).

主要成果:

• 传统和牧场养猪之间的微生物组成和抗体都存在显著差异.
• 传统养殖的猪在多种抗微生物药物类别 (氨基糖化物,β-乳酸盐,宏类,四环素) 中表现出显著更高的ARG丰度.
• 每种生产系统都与不同的细菌物种有关,CAZyme的配置不同,与常规猪中富含粘素降解相关的酶不同.

结论:

• 猪生产系统对肠道微生物组和抗体样本有深远的影响.
• 传统的室内养殖实践与猪肠道微生物群的抗菌素耐药性增加有关.
• 了解这些差异对于管理畜牧业中的抗药性耐药性和告知可持续农业实践至关重要.