检测SARS-CoV-2变种的新方法使用反转录循环介导的同热放大与实时生物发光试验 (RT-LAMP-BART) 结合使用
Takahiro Iijima1, Jun Sakai2, Dai Kanamori1
1Division of Pediatric Dentistry, Department of Human Development and Fostering, Meikai University School of Dentistry, Sakado 350-0283, Japan.
International journal of molecular sciences
|July 14, 2023
概括
一种新的快速测定,RT-LAMP-BART,通过识别关键突变来准确检测SARS-CoV-2变种,如Omicron. 这种简单而敏感的方法比传统的PCR更快,更有效,用于变种监测.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 变种,包括阿尔法,三角形和奥米克朗,在尖峰 (S) 基因中具有明显的突变.
- 准确和快速检测这些SARS-CoV-2变种对于有效控制COVID-19至关重要.
- 之前开发的RT-LAMP-BART成功检测到了L452R突变.
研究的目的:
- 建立和评估用于检测SARS-CoV-2 S基因中的N501Y和Q493R/Q498R突变的新型LAMP原料和PNA探针.
- 评估开发的RT-LAMP-BART试验的特异性和敏感性.
- 为了比较RT-LAMP-BART测定与常规实时RT-PCR检测SARS-CoV-2变种的性能.
主要方法:
- 针对SARS-CoV-2S基因的特定突变 (N501Y,Q493R/Q498R) 的LAMP原料组和核酸 (PNA) 探针的设计.
- 使用五种病毒和四种细菌基准菌株评估试验特异性.
- 使用合成RNA和尖端临床样本评估测试灵敏度,与实时RT-PCR比较结果.
主要成果:
- 在RT-LAMP-BART测定准确地确定了N501Y和Q493R/Q498R突变.
- 这种新型分析在30分钟内检测到100-200个目标基因拷贝,比实时RT-PCR (130分钟,500-3000个拷贝) 快得多.
- 实时RT-PCR未能检测到Omicron变异 (BA.1,BA.2) 尽管存在N501Y突变,突出了一个限制.
结论:
- 与传统的实时RT-PCR相比,开发的RT-LAMP-BART试验显示出高特异性和更高的灵敏度.
- 这种简单,廉价和快速的测试是识别SARS-CoV-2变异的重要工具.
- 该试验的效率支持加强全球监测和控制新出现的病毒威胁.
