改进对手术后的甲基因组下一代测序的鉴定和诊断效率,用于手术后的甲基因组下一代测序,用于手术后的甲固定嵌标本上的菌根细粒瘤
Wen-Wen Sun1, Zheng-Wei Dong2, Yi-Ming Zhou3
1Shanghai Clinic and Research Center of Tuberculosis, Department of Tuberculosis, Shanghai Key Laboratory of Tuberculosis, Shanghai Pulmonary Hospital, Tongji University School of Medicine, Shanghai, China.
Microbes and infection
|July 15, 2023
概括
下一代元基因组测序 (mNGS) 提供了高灵敏度的诊断在甲固定嵌入 (FFPE) 组织中的菌根菌感染. 这种方法被推作为一种补充工具,用于在术后颗粒瘤病变中识别病原体.
科学领域:
- 病理学 病理学 病理学
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 菌根细菌感染带来了诊断上的挑战.
- 下一代元基因组测序 (mNGS) 在病原体识别方面显示出前景.
- 在外科病理学中,固定甲嵌入式 (FFPE) 组织是常见的.
研究的目的:
- 评估mNGS的诊断准确性,用于从术后样本中在FFPE组织中识别菌根菌.
- 将mNGS的性能与用于诊断粒状病变的传统方法进行比较.
主要方法:
- 对65例带有粒状病变的术后病例进行了回顾性分析.
- 在FFPE组织上的mNGS与菌根培养和Xpert MTB/RIF在新鲜组织上的比较.
- 对敏感性,特异性,正预测值 (PPV) 和负预测值 (NPV) 的评估.
主要成果:
- mNGS显示出100%的灵敏度和88.24%的特异性,用于诊断菌根细菌粒瘤.
- 与结核颗粒瘤的分子病理学相比,mNGS显示了显著更高的灵敏度和NPV.
- 此外,mNGS对非结核菌菌 (NTM) 颗粒瘤的敏感性显著提高.
结论:
- mNGS是一种高度敏感的方法,用于检测FFPE组织中的病原体.
- mNGS可以用于一次性检测FFPE段中的病原体.
- 推使用mNGS作为术后颗粒瘤病变的补充诊断工具.
