通过生物信息学分析和机器学习,基于二次性甲状腺功能障碍症的扩散,确定关键生物标志物
Aiwen Shen1,2, Jialin Shi1,2, Yu Wang1,2
1Nephrology, Huashan Hospital, Fudan University, Shanghai, China.
PeerJ
|July 17, 2023
概括
这项研究确定了五个关键基因 (USP12,CIDEA,PCOLCE2,CAPZA1和ACCN2) 作为潜在的生物标志物和治疗点,用于慢性脏病 (CKD) 患者的二次性偏甲状腺症 (SHPT) 进展.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 内分泌学 在内分泌学.
背景情况:
- 二次性偏甲状腺症 (SHPT) 是慢性病 (CKD) 的常见并发症,导致显著的发病率和死亡率.
- 了解分子机制和确定SHPT进展的预测生物标志物对于改善患者结果至关重要.
研究的目的:
- 为了确定预测SHPT进展的潜在生物标志物.
- 阐明转录组层面的SHPT病原体背后的分子机制.
主要方法:
- 在SHPT患者数据集中对差异表达基因 (DEGs) 的分析 (GSE75886,GSE83421).
- 机器学习用于候选基因选择和CIBERSORT用于免疫细胞透分析.
- 转录因子预测 (RcisTarget) 和网络构建 (Cytoscape);通过qRT-PCR和免疫组织化学 (IHC) 验证.
主要成果:
- 确定了614个DEG,其中五个关键基因 (USP12,CIDEA,PCOLCE2,CAPZA1,ACCN2) 显示显著的差异性表达.
- 这些基因与免疫细胞透和瘤微环境有关.
- 确定ZBTB6是转录因子主调节剂;qRT-PCR和IHC证实了SHPT组织中的基因表达.
结论:
- USP12,CIDEA,PCOLCE2,CAPZA1和ACCN2显示出作为SHPT的生物标志物和治疗点的潜力.
- 这些发现为SHPT管理提供了新的见解和未来的研究方向.
