开发Omni InDel,并支持玉米的数据库
Zhihao Liu1,2, Yikun Zhao1, Yunlong Zhang1
1Key Laboratory of Crop DNA Fingerprinting Innovation and Utilization (Co-construction by Ministry and Province), Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Beijing Academy of Agricultural and Forest Sciences (BAAFS), Beijing, China.
Frontiers in plant science
|July 17, 2023
概括
本研究介绍了Omni InDels,这是一套全面的插入删除 (InDel) 变种,用于玉米,大豆和大米. 这些标记物增强了基因组多样性分析和用于各种植物研究应用的标记物开发.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 植物科学 植物科学
背景情况:
- 插入删除 (InDels) 是大量的基因组标记,与SSR和SNP一起.
- 当前的InDel分析往往忽略了基因组InDel多样性的全谱.
研究的目的:
- 为玉米,大豆和大米开发一个全面的InDel资源 (Omni InDels).
- 将InDels分类并开发易于检测和高度多态的标记器集.
- 创建一个用户友好的数据库来访问和可视化InDel的变体.
主要方法:
- 基因组测序数据和组装被用来识别从1bp到Mb的InDels.
- InDels被分类,并选了一个易于输入的"完美InDels"的子集.
- 在来自11个组的3,587个生殖血资源中验证了真实性.
- 开发了一个"多InDel"套件,以增加多态度,以便在多个平台上检测.
主要成果:
- 开发了Omni InDels,涵盖了三种主要作物的广泛尺寸变体.
- 识别了"完美的内脏"并通过多种不同的胚胎质验证了它们的真实性.
- 创建了"多InDels",可以显著增强网站的多态性.
- 推出了一个在线数据库,用于InDel网站可视化的"变体查看器".
结论:
- 欧姆尼InDels为InDel变体挖掘和标记开发提供了一个有价值的,全面的资源.
- 开发的标记集和数据库有助于在植物基因组学和育种中得到更广泛的应用.
- 本资源增强了对重要作物基因组的InDel多样性的理解和利用.
