整合全基因组和部分基因组序列来破译犬狂犬病病毒的全球传播

科学领域:

• * 病毒学 病毒学
• * 进化生物学 进化生物学
• * 生物信息学是一门学科.

背景情况:

• *病毒基因组测序正在快速推进,但统计方法与历史特有疾病和未充分利用的部分测序数据扎.
• *分析历史病原体传播需要强大的方法,能够处理多样化和不完整的基因组信息.
• * 狂犬病病毒 (RABV) 构成了重大的公共卫生挑战,由于数据有限,其历史传播的理解不佳.

研究的目的:

• * 开发和验证一个家族遗传管道,用于研究历史病原体传播,使用全部和部分病毒基因组序列.
• *将这一管道应用于狂犬病病毒 (RABV),以准确地确定其出现的日期并绘制其地理分布的地图.
• * 减少以有限的基因数据为重点的研究中固有的地理和遗传偏见.

主要方法:

• *开发一种新型遗传学管道,整合病毒全基因组和部分基因组序列.
• *将管道应用于大量狂犬病病毒 (RABV) 基因组数据集.
• *植物地理分析以重建历史传播和识别引入事件.

主要成果:

• * 管道成功整合了全部和部分序列,产生了精确的约会和对RABV的可靠地理分散估计.
• * 目前的狗媒介RABV的出现是在1301年和1403年之间.
• * 确定了700年的区域引入,包括人为介导的引入和欧洲殖民化在RABV传播中的作用.

结论:

• * 拟议的遗传学管道有效地利用未充分利用的部分序列数据进行 robust 遗传学分析.
• *这种方法显著提高了我们对历史病毒病原体传播的理解,以RABV传播的详细重建为例.
• *该方法适用于广泛的病毒病原体,促进大规模的,基因多样化的植物地理研究.