从原始溶解物中确定DNA-蛋白质结合的亲和性和特异性,使用结合SILAC/TMT标签策略
Cathrin Gräwe1, Miguel Hernandez-Quiles1,2, Pascal W T C Jansen1
1Department of Molecular Biology, Faculty of Science, Radboud Institute for Molecular Life Sciences, Oncode Institute, Radboud University Nijmegen, 6525 GA Nijmegen, The Netherlands.
Journal of proteome research
|July 19, 2023
概括
我们开发了一种新的方法,即通过质谱测量 (PASMAN) 来量化蛋白质核酸亲和力和特异性,以确定DNA-蛋白质相互作用并测量它们的结合强度. 帕斯曼利用先进的蛋白质组学揭示了蛋白质如何与特定的DNA序列结合.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 分子生物学分子生物学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 定量质谱对于识别DNA-蛋白相互作用至关重要.
- 现有的方法通常依赖于单个下拉,限制了详细的亲和关系分析.
研究的目的:
- 开发一种新的,更高阶的多重化蛋白质学工作流程,用于量化DNA-蛋白质相互作用及其亲和关系.
- 通过质谱法 (PASMAN) 引入蛋白质核酸亲和度和特异性量化方法.
主要方法:
- 在细胞培养中利用氨基酸的稳定同位素标记 (SILAC) 和双重质标记 (TMT) 标记进行多重复合.
- 在核提取物中的度范围中采用DNA下拉.
- 结合MS1和顺序TMT量化,生成绑定曲线并确定明显的亲和关系.
主要成果:
- 帕斯曼是使用SP / KLF动机进行基准测试的.
- 研究了两个CGCG基因的DNA-蛋白相互作用,揭示了对BANP和BEND3蛋白的明显结合亲和力.
- 在体内确定了NuRD复合物作为主要的BEND3近位蛋白质复合物.
结论:
- 帕斯曼 (PASMAN) 是第一个高阶复杂化蛋白质组学方法,用于破译特定的DNA-蛋白相互作用及其亲和关系.
- 该方法适用于各种生物和病理学背景.
- 提供了对BEN域蛋白及其相关复合体的结合特征的新见解.
