通过下一代测序评估B细胞克隆性分析的EuroClonality-NGS建议:使用DEPART算法进行结构化方法
Michiel van den Brand1, Markus Möbs2, Franziska Otto3
1Department of Pathology, Radboud University Medical Center, Nijmegen, the Netherlands.
The Journal of molecular diagnostics : JMD
|July 19, 2023
概括
下一代测序 (NGS) 能够进行敏感的B细胞克隆性分析,即使是从退化的DNA中. DEPART算法提供了一个结构化的方法,用于准确解释NGS Ig克隆性结果.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 在克隆性分析中为检测小克隆提供了高灵敏度.
- 已存在针对免疫球蛋白 (Ig) 基因分析的经过验证的NGS协议.
- NGS适用于低于最佳的DNA质量,包括甲固定,嵌组织.
研究的目的:
- 开发和验证一个结构化的算法方法来评估基于NGS的B细胞克隆性.
- 通过评估样本质量和评估模式,丰度和比率 (DEPART) 算法来引入克隆性检测.
- 为在临床环境中解释NGS克隆性结果提供建议.
主要方法:
- 开发用于评估NGSIg克隆性数据的DEPART算法.
- DEPART算法评估了样品质量,克隆型模式,丰度和比例.
- 使用NGS结果的专家评估作为参考标准.
主要成果:
- DEPART算法为B细胞克隆性评估提供了一个结构化,可重复的方法.
- 该算法解决了评估各种Ig基因标的特定挑战.
- 案例说明了分子克隆性结论的结果的整合.
结论:
- 德帕特算法有助于对基于NGS的克隆性数据进行准确的解释.
- 提供了将克隆性评估纳入临床和本病理学评估的建议.
- 这种结构化的方法预计将提高克隆性测试的临床实用性.
