在斑马鱼早期胚胎发生过程中,单核色素的景观
Xiumei Lin1,2,3, Xueqian Yang4,5, Chuan Chen6
1College of Life Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, 100049, China.
Scientific data
|July 19, 2023
概括
这项研究利用单核ATAC-seq.使用斑马鱼发育期间的动态色素可访问性. 这些数据揭示了脊椎动物早期胚胎发生过程中细胞命运决定背后的表观遗传调节.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 脊椎动物的胚胎发生涉及快速的细胞分化.
- 了解细胞命运决定需要动态表观遗传信息.
- 染色体可访问性数据对于将cis调节元素与基因表达联系起来至关重要.
研究的目的:
- 在早期斑马鱼胚胎发生过程中生成一个全面的染色质可访问性数据集.
- 在整个开发过程中将染色质可访问性与基因表达数据整合起来.
- 为研究脊椎动物发育中的表观遗传调节提供资源.
主要方法:
- 转移酶可访问染色体测序单核试验 (snATAC-seq) 在多个发育阶段 (3.3-24 hpf) 的斑马鱼胚胎上进行.
- 分析了来自51,620个细胞核的高质量的单细胞数据,产生了23个不同的细胞群.
- snATAC-seq数据与单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 数据进行了整合.
主要成果:
- 对于斑马鱼发育的前24小时,生成了详细的染色质可访问性景观.
- 该研究确定了与基因表达模式相关的染色质可访问性的动态变化.
- 集成snATAC-seq和scRNA-seq数据验证了染色体景观的准确性和生物相关性.
结论:
- 生成的数据集为理解斑马鱼胚胎生成中的表观遗传机制提供了基础资源.
- 这项工作突出了动态染色质可访问性在管理细胞命运决策中的重要性.
- 这些发现提供了对控制脊椎动物早期发育的监管网络的见解.
