一种功能性sgRNA-CRISPR查方法用于产生小鼠RET和NTRK1重新排列的瘤基因
Laura Schubert1, Anh T Le1, Trista K Hinz2
1Departments of Medicine, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO80045, USA.
Biology open
|July 20, 2023
概括
一种新的方法使用Ba/F3细胞中的IL3独立性来验证CRISPR/Cas9基因编辑sgRNAs用于创建癌症基因融合. 这种方法有效地产生瘤重组和用于药物敏感性测试的新型小鼠瘤模型.
科学领域:
- 癌症生物学 癌症生物学
- 基因编辑 基因编辑
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 编辑CRISPR/Cas9基因对于研究与癌症相关的融合瘤基因至关重要.
- 验证sgRNA功能以产生特定的基因重组是具有挑战性的,并且通常需要艰苦的单细胞克隆.
- 开发有效的方法来确认sgRNA向对于推进癌症研究至关重要.
研究的目的:
- 引入一种用于CRISPR/Cas9基因编辑的单导向RNA (sgRNA) 对验证的新有效方法.
- 建立一个系统来识别sgRNAs,成功地产生瘤基因重排在氨酸激酶如Ret和Ntrk1.
- 为了创建用于评估向癌症治疗的突变性小鼠瘤模型.
主要方法:
- 在Ba/F3细胞中利用IL3独立性作为选系统来识别功能性sgRNA对.
- 在Ba/F3细胞中产生Kif5b-Ret和Trim24-Ret基因重组.
- 通过PCR,RT-PCR和测序确认了重新排列.
- 在小鼠中诱导肺腺癌,使用编码Cas9和特定sgRNA对的腺病毒.
- 为药物敏感性研究建立和特征化一个Ret-rearranged细胞系 (TR.1).
主要成果:
- 通过创建Ret和Ntrk1致癌重组,成功确定了诱导IL3独立性的sgRNA对.
- 这些重新排列的Ba/F3细胞对特定的氨酸激酶抑制剂表现出敏感性.
- 工程性腺病毒的内灌注导致小鼠肺腺癌的发展.
- 来自Trim24-Ret瘤的TR.1细胞系对RET抑制剂 (LOXO-292,BLU-667) 在体外和体内都表现出显著的敏感性.
- 来自TR.1细胞的正位素瘤在用LOXO-292.2治疗后显著收缩.
结论:
- 描述的基于IL3独立性的方法提供了一种有效的手段来验证sgRNAs产生致癌基因融合.
- 这种方法有助于快速创建由特定的瘤重组驱动的新型,同基因的小鼠模型.
- 这些经过验证的模型是针对癌症特定驱动突变的向疗法的临床前评估的宝贵工具.
