在平虫Schistosoma mansoni中,氨基酸的使用和蛋白质表达水平
Guillermo Lamolle1, Andrés Iriarte2, Diego Simón3
1Unidad de Genómica Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Iguá 4225, 11400 Montevideo, Uruguay.
Molecular and biochemical parasitology
|July 21, 2023
概括
在Schistosoma mansoni中高度表达的基因,这种寄生虫会引起杆菌病,首选使用富含GC的编码子. 这种选择有利于能量更便宜的氨基酸,这表明自然选择塑造了氨基酸的使用.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 寄生虫学的寄生虫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在人类中,schistosoma mansoni会引起杆菌病 (bilharzia).
- S. mansoni的基因组通常富含AT,但表现出区域性富含GC的区域,特别是在染色体末端附近.
- 之前的研究表明,尽管基因组的整体AT偏差,但高度表达的基因更喜欢富含GC的编码子.
研究的目的:
- 调查S. mansoni中高度表达的序列是否显示氨基酸频率偏差.
- 了解自然选择在塑造高度表达基因中的氨基酸使用中的作用.
主要方法:
- 在高度表达的基因序列中分析核酸组成.
- 通过比较不同物种的氨基酸频率,从细菌到人类.
- 检查与氨基酸能量成本相关的codon使用偏差.
主要成果:
- 在S. mansoni中高度表达的序列在核酸组成中具有强烈的偏差.
- 这些序列首选在第一个和第二个代位上使用富含GC的代.
- 选择的编码子为能量更便宜的氨基酸编码.
结论:
- 在高度表达的基因中,氨基酸的使用受到自然选择的显著影响,以最大限度地减少使用昂贵的能量残留物.
- 这种对氨基酸使用的选择模式在各种物种中观察到,不仅限于S. mansoni.
- 由于这种模式存在于自由生活的生物体中,对S. mansoni的寄生生活方式的适应意义仍然不确定.
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