在基因组分类数据库中定义的329个高等级分类体的名称建议,分别根据两种 prokaryotic 代码定义
Maria Chuvochina1, Aaron J Mussig1, Pierre-Alain Chaumeil1
1The University of Queensland, School of Chemistry and Molecular Biosciences, Australian Centre for Ecogenomics,, St Lucia QLD 4072, Brisbane, Australia.
基因组分类数据库 (GTDB) 为329种 prokaryotic taxa 提出了正式名称和描述,旨在解决分类混. 这项努力将微生物分类学和基因组学研究的命名标准化.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 纳税学是一种分类学.
背景情况:
- 基因组分类数据库 (GTDB) 使用遗传学标准来定义 prokaryotic 种类,导致显著的分类变化.
- GTDB的临时名称,通常在没有正式描述的情况下在网上发布,在科学文献和数据库中引起了混乱.
研究的目的:
- 为329个GTDB定义的 prokaryotic taxa 提出正式名称和分类学描述.
- 为了减少混,并在 prokaryotic 分类学中标准化命名.
- 根据已建立的代码,为验证新种类提供基础.
主要方法:
- 对连接蛋白质参考树系统地应用单类标准.
- 关于GTDB种类的拉丁名和描述的建议.
- 根据从序列数据 (SeqCode) 描述的原核生物命名法典,对种类的类型基因组的指定.
主要成果:
- 为329个GTDB prokaryotic taxa提出的正式名称和描述.
- 223个类型被提议根据"国际核细胞命名法典" (ICNP) 进行验证.
- 根据SeqCode提出的49种类型为验证,其中23种被指定类型基因组.
- 57个被提议为候选物种的种类,等待进一步验证.
结论:
- 拟议的名称和描述旨在解决模两可的问题,并规范 prokaryotic 分类学.
- 这项工作有助于在ICNP和SeqCode下正式验证众多GTDB分类.
- 该提案解决了对新定义的微生物群体进行清晰,公布的分类学描述的需求.
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