当前的对接程序在核酸-连接接方面有多好? 一个全面的评估
Dejun Jiang1,2, Huifeng Zhao1,2, Hongyan Du1
1Innovation Institute for Artificial Intelligence in Medicine of Zhejiang University, College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang, China.
这项研究全面评估了核酸 (NA) - 连接物相互作用的分子对接程序,这对于药物发现至关重要. 植物和LeDock显示出预测结合姿势的强大潜力,优于专业的NA-ligand程序.
科学领域:
- 计算化学和结构生物学
- 药物的发现和开发.
- 分子建模和模拟分子模型
背景情况:
- 核酸 (NA) - 配体相互作用对生物过程至关重要,是主要的药物标.
- 在原子层面理解这些相互作用对于药物发现至关重要.
- 分子对接是预测NA-体相互作用的主要计算方法,但程序性能没有很好地描述.
研究的目的:
- 系统地评估NA-联体系统中流行的分子对接程序的性能.
- 确定最有效的程序,用于预测NA-连接体复合体中的结合姿势和亲和关系.
- 为在针对NA的药物发现中选择合适的计算工具提供指导.
主要方法:
- 编制了迄今为止最大的基于结构的NA-联体结合数据集 (800个非共价复合物).
- 评估了八个对接程序 (六个蛋白质连接体,两个NA-连接体特定) 关于结合姿势和亲和力预测.
- 在已建立的数据集上,比较了表现最好的程序 (PLANTS,LeDock) 与较新的NA-ligand程序 (NLDock).
主要成果:
- 植物和LeDock表现出有希望的或与专门的NA-ligand计划可比的结果.
- 植物,rDock和LeDock在约束姿势预测方面表现出色,植物取得了最高的成功率.
- 对大多数程序来说,绑定亲和度预测是具有挑战性的;植物显示出最好的相关性 (Rp = -0.461).
结论:
- 植物和LeDock显示了NA-ligand对接的巨大潜力,在绑定姿势预测方面表现优于NLDock.
- 这项研究提供了迄今为止对NA-连接体系统的分子对接程序的最全面的评估.
- 这些发现可以指导研究人员选择最佳的计算工具,以针对NA的药物发现.
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