结合WGCNA和机器学习来构建与免疫相关的EMT模式,以预测HCC预后和免疫微环境
Yating Sun1, Shengfu He1, Mingyang Tang1
1Department of Infectious Diseases, The First Affiliated Hospital of Anhui Medical University, Hefei, Anhui, China.
Aging
|July 22, 2023
概括
这项研究确定了一种新的生物标志物,即免疫相关的上皮层-介质细胞过渡 (iEMT) 评分,用于预测肝细胞癌 (HCC) 的预后. 较高的iEMT得分表明整体存活率较差,有助于肝癌的个性化治疗策略.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 肝细胞癌 (HCC) 的死亡率和异质性很高,需要准确的预后生物标志物.
- 表皮介质转变 (EMT) 与HCC复发和死亡率有关,强调需要分析EMT基因.
- 了解EMT基因在HCC中的预后和免疫作用对于改善患者的治疗结果至关重要.
研究的目的:
- 在HCC中全面分析免疫相关EMT (iEMT) 基因的预后价值和免疫特性.
- 确定关键的iEMT基因,并开发HCC预后的预测得分.
- 探索基于iEMT状态的潜在治疗策略.
主要方法:
- 对TCGA和ICGC肝癌队列的生物信息学分析.
- 权重基因共同表达网络分析 (WGCNA) 来识别iEMT基因模块.
- 机器学习 (SVM-RFE,Lasso) 选择中央iEMT基因并构建iEMT得分.
- 在培训和验证队伍中的验证,名录构造,路径丰富和体外实验.
主要成果:
- 确定了三个核心iEMT基因 (ARMC9,ADAM15,STC2) 并开发了iEMT评分.
- 高iEMT得分与HCC患者的整体存活率 (OS) 显著降低相关.
- 在iEMT得分分组中探索了路径丰富,免疫学差异和药物敏感性.
- 在实验室中,ARMC9的淘汰抑制了HCC细胞的增殖,迁移和入侵.
结论:
- 该iEMT得分作为一个强大的生物标志物用于预测HCC预后.
- 这一分数提供了对免疫学格局和HCC的潜在治疗点的洞察.
- 这些发现支持基于iEMT状态的HCC患者个性化治疗方法.
