数据分析工具对数据独立采集质谱的比较分析
Fangfei Zhang1, Weigang Ge2, Lingling Huang2
1Center for Intelligent Proteomics, Westlake Laboratory of Life Sciences and Biomedicine, Hangzhou, Zhejiang Province, China; Key Laboratory of Structural Biology of Zhejiang Province, School of Life Sciences, Westlake University, Hangzhou, Zhejiang Province, China.
数据独立采集 (DIA) 质谱产生可复制的蛋白质组数据. 没有图书馆的DIA分析工具显示出希望,但全面的光谱图书馆仍然有利于DIA质谱.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 数据独立获取 (DIA) 质谱法是可复制蛋白质组分析的强大技术.
- DIA数据的复杂性需要各种各样的分析工具,这导致了各种软件解决方案的开发.
- 评估这些工具对于优化蛋白质组数据处理和解释至关重要.
研究的目的:
- 评估和比较五个领先的DIA数据分析工具的性能:OpenSWATH,百科全书,天际线,DIA-NN和Spectronaut.
- 在不同的质谱测量平台上评估基于图书馆和无图书馆的DIA分析策略.
- 为研究人员提供有关选择适当的DIA分析工具的指导.
主要方法:
- 使用来自TripleTOF,Orbitrap和TimsTOF Pro仪器的六个DIA数据集.
- 使用识别和量化指标比较工具性能.
- 在不同的软件工具中分析了共享和独特的识别.
主要成果:
- 没有图书馆的DIA分析方法在光谱图书馆缺乏全面性时表现出卓越的性能.
- 基于图书馆的方法在许多DIA分析场景中仍然提供了优势,特别是在全面的图书馆中.
- 在评估的DIA工具中观察到显著的性能差异.
结论:
- 基于图书馆和无图书馆的 DIA 分析之间的选择取决于光谱图书馆的质量和实验目标.
- 综合的光谱图书馆对于最大限度地提高DIA质谱中的蛋白质组数据深度和准确性仍然很有价值.
- 这项比较研究为DIA质谱技术的用户提供了必要的见解.
更多相关视频
12:49Quantification of Site-specific Protein Lysine Acetylation and Succinylation Stoichiometry Using Data-independent Acquisition Mass Spectrometry
Published on: April 4, 2018
11:00Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry UPLC-HRMS
Published on: May 20, 2013
相关概念视频
Tandem Mass Spectrometry
Secondary fragmentations occur in the interaction cell and can be induced by various factors. Fragmentation induced by collision with inert gases, such as N2, Ar, He, etc., is called collision-induced...
Mass Spectrometry: Complex Analysis
GC–MS is a powerful hyphenated method commonly used in forensics and environmental...
Mass Analyzers: Overview
Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry
This technique helps gather information regarding the protein from which the peptide was obtained and to study the peptides’ amino acid sequence. Identifying peptides from a complex mixture is an important component of the growing field of...
Mass Spectrometers
Mass Spectrometry: Overview
