代谢学工作台文件状态网站:一个元数据存储库,促进代谢学数据的 FAIR 原则
Christian D Powell1,2,3, Hunter N B Moseley4,5,6,7
1Department of Computer Science (Data Science Program), University of Kentucky, Lexington, KY, 40506, USA.
BMC bioinformatics
|July 23, 2023
概括
代谢学工作台文件状态网站使用更新的Python包来验证代谢学数据,识别错误以提高数据的可重复使用性和促进FAIR数据原则.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 数据科学数据科学数据科学
背景情况:
- 一个更新的mwtab Python包于2021年发布,用于Metabolomics工作台 (MetabolomicsWB).
- 该包得到了增强,以匹配"mwTab"文件格式规范,并提高功能.
- 软件包中的验证工具被用于识别MetabolomicsWB数据集中的不一致性.
研究的目的:
- 开发一个网站,以持续验证 MetabolomicsWB 数据文件.
- 为访问检测到的不一致性和错误提供一个用户友好的界面.
- 列出阻碍数据可重复使用的问题,并促进 FAIR 数据原则.
主要方法:
- 开发了MetabolomicsWB 文件状态网站.
- 使用mwtab Python包进行数据检索和验证.
- 生成的HTML报告详细说明格式解析错误,合规问题和访问问题.
- 实施了网站的每周更新时间表.
- 利用GitHub和GitHub.io进行网站设计和可复制性.
主要成果:
- 该网站成功地识别和目录各种数据文件的不一致性和错误.
- 检测到的问题包括格式解析错误,合规问题和REST接口访问问题.
- 该网站为数据质量评估提供了一个不断更新的资源.
- 该设计为其他元数据存储库提供了可复制的模板.
结论:
- MetabolomicsWB文件状态网站作为一个重要的元数据存储库.
- 它增强了代谢学数据的 FAIR (可查找,可访问,可互操作,可重复使用) 使用.
- 该倡议支持 Metabolomics Workbench 数据库的完整性和可访问性.
