如何E,L和P选择蛋白与sLex和PSGL-1结合:关键残留相互作用的量化
Vladimir Sladek1, Pavel Šmak2, Igor Tvaroška1
1Institute of Chemistry, SAS, Dubravska cesta 9, 84538 Bratislava, Slovakia.
Journal of chemical information and modeling
|July 24, 2023
概括
这项研究量化了单个选择蛋白残留物在细胞通信和连接体结合中的作用. 一个多层次的方法揭示了关键的残留物和硫化物.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 计算化学的计算化学
背景情况:
- 选择素通过连接体相互作用调解细胞通信.
- 了解selectin残留物作用对于结构功能洞察力和抑制剂设计至关重要.
- 对单个残留物对selectin结合的贡献进行定量分析一直是具有挑战性的.
研究的目的:
- 量化分析selectin-ligand结合中的基本相互作用.
- 为了理解selectin残留物的结构-功能关系.
- 为了识别E,L和P选择因之间的分子识别差异.
主要方法:
- 多尺度方法结合了分子动力学,量子化学计算和残留物相互作用网络模型.
- 选择PSGL-1相互作用的分析.
- 在PSGL-1中评估氨酸残留硫化.
主要成果:
- 多尺度方法成功地重现了实验结果.
- 量化了特定残留物和功能组在蛋白质 - 连接体界面上的重要性.
- 确定了关键的残留物差异 (例如,46,85,97,107位),影响了对E-,L-和P-选择因的连接物参与.
- 突出了TyrSO3-在51位与P-选择素中的Arg85相互作用的重要作用,以增强结合亲和力.
结论:
- 开发的多尺度方法是预测残留物对生物分子复合体结合的贡献的宝贵工具.
- 特定的选择蛋白残留物和氨酸硫化极大地影响了连接体结合的亲和力和选择性.
- 提出了针对五个重要的PSGL结合位点的原始药.
