一种无培养方法,快速准确量化活跃的SARS-CoV-2病毒

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 分子生物学分子生物学
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 准确量化传染性病毒对于评估感染风险至关重要.
• 传统的中位组织培养感染剂量 (TCID50) 试验耗时 (5-7天) 且需要生物安全级别3的实验室.
• 需要快速和敏感的方法来有效管理像COVID-19这样的病毒爆发.

研究的目的:

• 开发和验证一种快速,无培养的方法来量化活跃的SARS-CoV-2.
• 使用逆转录数字PCR (RT-dPCR) 向亚基因组RNA (sgRNA),以准确确定病毒载量.
• 为了确定sgRNA水平和传染性病毒标位之间的相关性.

主要方法:

• 开发了一种针对SARS-CoV-2亚基因组RNA (sgRNA-N和sgRNA-E) 的逆转录数字PCR (RT-dPCR) 试验.
• 研究了RT-dPCR试验的动态范围,检测极限 (LoD=2个副本/反应) 和量化极限 (LoQ=10个副本/反应).
• 使用培养的SARS-CoV-2 (三角形菌株) 和63个临床样本验证了该方法,并将结果与TCID50测定进行了比较.

主要成果:

• 通过RT-dPCR方法,sgRNA/gRNA复制数和SARS-CoV-2 TCID50标位 (500-10^5 TCID50/mL) 之间显示出出色的线性 (R2 = 0.9999).
• 与其他方法相比,通过RT-dPCR对sgRNA-N的定量检测对活性病毒检测更为敏感.
• 开发的试验可以在生物安全级别2的实验室中在3小时内推断活跃病毒标位.

结论:

• 针对SARS-CoV-2sgRNA的RT-dPCR提供了一个快速,准确和敏感的替代传统TCID50测定.
• 这种方法可以及时识别传染病患者,从而减少不必要的隔离期.
• 该试验的效率可以减轻COVID-19广泛爆发期间医疗资源的负担.