化学交叉连接质谱数据的比较分析表明,蛋白质STY残留物很少与N-Hydroxysuccinimide Ester交叉连接器发生反应

科学领域:

• 蛋白质组学和质谱学
• 化学生物学 化学生物学
• 生物信息学和计算生物学

背景情况:

• 质谱法 (MS) 对于识别由N-hydroxysuccinimide (NHS) 试剂交联的对至关重要.
• 对于可交叉链接的氨基酸位点,MS数据分析软件的默认设置各不相同,其中一些仅包括素 (K) 和N端,而另一些则添加氨酸 (S),氨酸 (T) 和氨酸 (Y).

研究的目的:

• 评估将血清素,氨酸和氨酸 (STY) 作为MS数据分析中可交叉链接站点用于NHS交叉链接器的可靠性.
• 评估与不同交叉链接器和搜索引擎的STY交叉链接相关的错误发现率 (FDR).

主要方法:

• 使用具有化学惰性的侧链 (甘氨酸,氨酸,白氨酸 - GVL) 的氨基酸作为交叉链接的负控制.
• 测试了各种NHS的交叉链接器 (DSS,DSSO,DSBU) 和MS搜索引擎 (MeroX,xiSearch,pLink).
• 分析了一份已发表的合成的数据集,以验证发现.

主要成果:

• 软件识别的STY交叉链接显示可靠性与GVL交叉链接相比,表明错误发现率很高.
• 这一发现在不同的NHS交叉链接器和搜索引擎中是一致的.
• 进一步的分析显示,已识别的STY交叉链接往往是错误识别的K-K交叉链接 (高达65%),K单环链接 (高达61%),或容易被错误识别的短.

结论:

• 在MS数据分析中,将氨酸,氨酸和氨酸作为默认的交叉链接站点用于NHS交叉链接器,显著增加了错误发现率.
• 研究人员在解释STY交叉链接时应谨慎,因为它们经常是K-K交叉链接,K单一链接或短的产物.
• 该研究强调了需要改进的搜索引擎参数,以提高交叉链接质谱的准确性.