对于多千兆像素整片图像的病理图像系列的虚拟对齐
Chandler D Gatenbee1, Ann-Marie Baker2, Sandhya Prabhakaran3
1Department of Integrated Mathematical Oncology, H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute, 12902 Magnolia Drive, SRB 4, Tampa, FL, 336122, USA. Chandler.Gatenbee@moffitt.org.
Nature communications
|July 26, 2023
概括
虚拟对齐病理图像系列 (VALIS) 软件通过准确地注册整个幻灯片图像 (WSI) 来解决空间奥米克方面的挑战. 这使得能够生成高度多重化的数据集,用于先进的空间分析.
科学领域:
- 计算病理学计算病理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 数字病理学数字病理学
背景情况:
- 空间奥米克正在引起人们的兴趣,但由于成本,专业知识和技术限制,生成高度复杂的图像是困难的.
- 注册整个幻灯片图像 (WSI) 提供了一个替代方案,用于创建空间对齐的数据集,用于空间奥米克.
研究的目的:
- 开发一个强大的软件解决方案,用于对齐多个整个幻灯片图像 (WSI).
- 为了使从注册的WSI数据集中生成高度多重化的图像.
- 为了促进数字病理学的下游空间分析.
主要方法:
- 开发病理图像系列虚拟对齐 (VALIS) 软件.
- 使用开源Python工具进行WSI注册和转换.
- 使用公开可用的数据集进行VALIS准确性的基准测试,用于WSI注册和3D重建.
主要成果:
- 瓦利斯允许对准多个亮场和/或免疫光WSI.
- 该软件生成了以ome.tiff格式保存的高度多重化的图像.
- 瓦利斯在WSI登记和3D重建方面展示了最先进的准确性.
结论:
- 瓦利斯提供了一个免费,快速,可扩展和用户友好的管道,用于注册多千兆像素WSI.
- 该软件克服了在生成多重空间omics数据方面面临的关键挑战.
- 瓦利斯通过提高WSI对齐精度来促进先进的空间分析.
