肝量 (LiverQuant):一种改进的方法,用于对肝病理的定量分析
Dominick J Hellen1, Saul J Karpen1
1Division of Pediatric Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, Department of Pediatrics, Children's Healthcare of Atlanta and Emory University School of Medicine, Atlanta, GA, USA.
Bio-protocol
|July 27, 2023
概括
肝脏Quant为肝脏组织学提供了标准化的全幻灯片分析,提高了准确性,减少了量化细胞和纤维化方面的偏差. 这种方法提高了实验的可重现性,并加快了与传统技术相比的分析速度.
科学领域:
- 组织病理学 组织病理学
- 计算病理学计算病理学
- 生物医学图像分析
背景情况:
- 目前的肝脏组织学量化方法缺乏标准化,依赖于有限的随机幻灯片区域.
- 这导致选择偏差和不完整的数据分析,影响实验可靠性.
- 需要全片分析才能全面,准确地量化肝脏组织.
研究的目的:
- 介绍LiverQuant,一种用于数字化肝脏组织学全幻灯片量化的新方法.
- 提供一种标准化,准确和高效的方法来分析肝脏幻灯片中的细胞和纤维细胞含量.
- 提高肝脏组织学研究的可靠性和可重复性.
主要方法:
- 肝脏量子利用QuPath软件与专门的脚本进行自动组织注释和细胞矩阵检测.
- 该方法建立了染色的平均强度值,以便进行一致的分析.
- 它处理整个幻灯片图像,使全面的数据采集成为可能.
主要成果:
- 与标准方法相比,LiverQuant显著提高了速度,并覆盖了50倍以上的组织面积.
- 由于LiverQuant (GitHub) 的开源性质提高了可访问性和可重复性.
- 该方法将实验内和实验间的变量最小化,以获得更可靠的结果.
结论:
- LiverQuant为肝脏组织学全片分析提供了可靠,可复制和高效的解决方案.
- 这种方法可以适应大多数实验室,并且需要最小的优化.
- 它的原则可以扩展到分析其他器官的组织学.
