使用长距离PCR原料对SARS-CoV-2进行基因组监测
Sangam Kandel1, Susanna L Hartzell2, Ashton K Ingold2
1Department of Biomedical Informatics, University of Arkansas for Medical Sciences, 4301 West Markham Street (slot 782), Little Rock, AR 72205, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 28, 2023
概括
针对SARS-CoV-2的全基因组测序 (WGS) 对于疫情监测至关重要. 这项研究引入了远程PCR原始剂,通过减少安普利康脱落和覆盖偏差来改善基因组质量.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 对SARS-CoV-2的全基因组测序 (WGS) 对于跟踪COVID-19流行病的演变和识别关注变体 (VoCs) 是必不可少的.
- 目前流行的原始计划,如午夜和ARTIC V4.1,在较小的段落中放大SARS-CoV-2,这可能导致由于突变和原始相互作用而导致AMPLICON脱落和覆盖偏差.
- 这些问题导致带有模两可的区域 ("N") 的低质量基因组组合,阻碍了准确的谱系分配和关键突变的监测.
结论:
- 使用减少的一组远程PCR原始剂提供了一种更强大的方法来测序SARS-CoV-2基因组.
- 这种方法提高了基因组质量,提高了流行病学监测和变种跟踪的准确性.
- 这一战略对于有效监测COVID-19大流行和新型SARS-CoV-2变种的出现至关重要.
