编码统一分析管道
Benjamin C Hitz1, Jin-Wook Lee1, Otto Jolanki1
1Department of Genetics, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA.
"DNA元素百科全书" (ENCODE) 项目使用各种实验对人类基因组的功能元素进行了目录. 标准化管道确保数据可复制性和可访问性,为世界各地的研究人员.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- "DNA元素百科全书" (ENCODE) 项目旨在识别人类基因组中的所有功能元素.
- 它涉及到一个大规模的,协作的努力,利用各种各样的实验技术.
研究的目的:
- 为人类和小鼠基因组创建功能基因组学数据的综合目录.
- 确保数据来源,可复制性和跨基因组资源的互操作性.
主要方法:
- 利用超过19,000个功能基因组学实验在众多细胞系和组织.
- 使用使用Docker和工作流描述语言 (WDL) 开发的标准化处理管道.
- 将所有数据,元数据和分析提交给数据协调中心 (DCC) 进行验证和分发.
主要成果:
- 通过ENCODE门户网站,可以获得功能基因组学实验的庞大数据库.
- 公共可访问的管道代码和Docker图像促进了广泛使用.
- 标准化计算方法使得可比结果和整合性分析成为可能.
结论:
- ENCODE为了解基因组功能提供了一个至关重要的资源.
- 标准化管道和可访问的数据赋予全球生物医学研究人员权力.
- 基于云的访问使复杂的基因组数据和小实验室的工具的使用变得民主化.
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