欧米茄代谢交互节点网络 (MINNO):根据经验代谢学数据提炼和调查代谢网络
Ayush Mandwal1, Stephanie L Bishop2, Mildred Castellanos3
1Department of Physics and Astronomy, University of Calgary, Calgary, AB, Canada.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 28, 2023
概括
代谢交互节点网络对Omics (MINNO) 改进使用代谢数据的代谢网络. 这种工具有助于研究像Borrelia这样的研究不足的生物,通过它们独特的代谢途径来区分物种.
科学领域:
- 系统生物学和代谢学.
- 生物信息学和计算生物学
背景情况:
- 代谢学揭示了生物体的生物化学多样性,通常使用代谢网络建模进行分析.
- 由于基因同质性问题,为非模型生物体建模代谢网络很困难.
研究的目的:
- 为Omics (MINNO) 引入代谢交互节点网络,这是一个用于改进代谢网络的网络工具.
- 为了证明MINNO在研究研究不足的生物,特别是Borrelia属的实用性.
主要方法:
- 开发了MINNO,这是一个基于Web的工具,集成了代谢学数据,以改进代谢网络.
- 采用混合基因组学-代谢学方法,为三个Borrelia物种构建特定物种的代谢网络.
- 用于个人和多个物种背景的交互途径可视化.
主要成果:
- 对于模型和不寻常的生物体,MINNO成功地完善了代谢网络.
- 构建了Borrelia的特定物种代谢网络,揭示了代谢差异.
- 基于核酸和尼古丁酸途径的代谢差异化Borrelia物种,仅从基因组数据无法预测.
结论:
- 代谢学可以经验性地改进基因构建的代谢网络.
- 在研究非模型生物的代谢网络方面,MINNO是一个有价值的工具.
- 这项研究强调了Borrelia物种在使用代谢学驱动的网络改进的新型代谢区别.
