对单细胞RNA测序数据的重新分析不支持单细胞病毒1在小鼠的非神经质细胞中的潜伏期
Werner J D Ouwendijk1, Pavitra Roychoudhury2,3, Anthony L Cunningham4,5
1HerpesLabNL, Department of Viroscience, Erasmus Medical Center, Rotterdam, Netherlands.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 28, 2023
概括
对简单疹病毒1型 (HSV-1) 延迟数据的重新分析表明,在免疫细胞中提出的检测是由于技术工件. 已证实潜伏的HSV-1仅存在于神经元中,而不是非神经元细胞中.
科学领域:
- 神经病毒学 神经病毒学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 简单疹病毒1型 (HSV-1) 建立了终身潜伏期,主要是在感觉神经元中.
- 最近的研究表明,HSV-1在非神经元细胞 (包括免疫细胞) 中的潜伏时间在周围质内.
- 这一发现挑战了对HSV-1延迟储备的既定理解.
研究的目的:
- 重新检查用于支持非神经细胞中HSV-1延迟的单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 数据.
- 为了澄清感染性格里亚内潜伏的HSV-1存储库的位置.
- 为了解决了解HSV-1延迟时间的差异.
主要方法:
- 从HSV-1延迟的小鼠模型中重新分析现有的scRNA-Seq数据集.
- 在3' scRNA-Seq实验中对非目标原始化和RNA检测工件的研究.
- 质量控制过的应用,以评估数据完整性和细胞群.
主要成果:
- 由于非基化HSV-1延迟关联转录 (LAT) 内基RNA被检测到,这是由于目标外的原始化.
- 这些读数主要在正在死亡的细胞中发现,这表明细胞死亡和溶解.
- 过过程中神经元和LAT转录的损失表明了广泛的神经元破坏和潜在的无细胞RNA污染.
结论:
- 建议在非神经细胞中检测潜伏的HSV-1是由于分析不准确而造成的.
- 死亡神经元的无细胞RNA污染可能导致误解.
- 仅在感官神经元中 HSV-1 延迟的既定模型仍然得到支持.
