一个定制的区域DNA条形码参考库,用于美国山间西部的菌,增加了成功的标本识别

科学领域:

• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 生态生态学 生态生态学
• 遗传学 是一个遗传学.

背景情况:

• 对真菌多样性评估来说,DNA条形编码至关重要.
• 现有的真菌序列数据库缺乏足够的物种级别分辨率.
• 这种限制阻碍了对形菌 (LFF) 的准确识别.

研究的目的:

• 为了确定定制,专注于区域的DNA参考库是否提高了LFF的物种级别识别率.
• 为了比较区域ITS数据库与LFF识别的UNITE数据库的有效性.

主要方法:

• 开发了一个LFF在山间西部 (美国) 的区域ITS数据库,包含超过4800个序列,代表>600种.
• 采样了11个地点的LFF社区,使用高通量ITS2安普利康测序.
• 使用定制区域数据库和UNITE数据库,比较了物种级别识别成功率.

主要成果:

• 与UNITE数据库 (28.3-34.2%) 相比,定制的区域数据库实现了显著更高的物种级别分配 (72.3%).
• 定制数据库的网站特定识别率在72.3-82.1%之间,而UNITE.com的数据库为31.5-55.4%.
• 这表明识别候选LFF物种的实质性改进.

结论:

• 开发区域DNA参考库对于改善LFF中的物种级别识别是有效的.
• 定制数据库通过提高DNA条形码的准确性来加速LFF研究.
• 这种方法对于更全面地描述真菌多样性至关重要.