优化了从低体积血清样本中分离的小细胞外囊泡的高通量转录组概况的程序
Petra Vychytilova-Faltejskova1, Sara Vilmanova1, Lucie Pifkova1
1Centre for Molecular Medicine, Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic.
Clinical chemistry and laboratory medicine
|July 28, 2023
概括
从血清中分离小细胞外囊泡 (EVs) 和它们的RNA的优化协议使得高通量转录组分析成为可能. 这种方法在结直肠癌患者中发现了许多放松调节的非编码RNA,突出了它们作为生物标志物的潜力.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 小型细胞外囊泡 (EVs) 是细胞间通信的关键媒介,并作为生物标志物来源具有前景.
- 缺乏小型EV分析的标准化,阻碍了临床翻译.
研究的目的:
- 为了比较不同的高通量方法来分析小型电动汽车的转录组.
- 从低血清体积中优化用于小EV RNA隔离的协议.
主要方法:
- 从血清中用大小排除染色学分离出小EV.
- 通过使用不同的套件来比较RNA提取效率,Monarch Total RNA Miniprep Kit显示了最佳的结果.
- 使用微阵列和RT-qPCR进行了全转录组分析.
主要成果:
- 尺寸排除色谱证明适用于小型EV隔离.
- 在结直肠癌患者和健康对照人群之间,发现了7,182个放松的转录.
- 非编码RNAs,特别是lncRNAs,构成了大多数不受管制的转录.
结论:
- 从低血清量中对小EV和RNA隔离开发了一种优化的协议.
- 克拉里奥姆D皮科测试适用于小型EVs的转录组概况.
- 这些发现支持小EV非编码RNA作为结直肠癌生物标志物的潜力.
