在Populus中对lncRNA-mRNA调节网络的综合分析与西勒姆发育相关
Na Sun1, Yufen Bu1, Xinyuan Wu1
1State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, College of Biological Sciences and Technology, Beijing Forestry University, No. 35 Qinghua East Road, Beijing, 100083, China; The Tree and Ornamental Plant Breeding and Biotechnology Laboratory of National Forestry and Grassland Administration, Beijing Forestry University, No. 35 Qinghua East Road, Beijing, 100083, China.
长非编码RNAs (lncRNAs) 对于植物基因表达和树发育至关重要. 这项研究确定了数千种差异表达的lncRNA及其向基因,揭示了它们在木材形成途径中的作用.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
- 木材科学 木材科学 木材科学
背景情况:
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 调节植物中的基因表达.
- 它们在囊发育中的作用在很大程度上是未被探索的.
- 了解 lncRNA 功能是改善木材形成的关键.
研究的目的:
- 为了识别和表征参与Populus euramericana'Zhonglin46'.在西发育中的lncRNAs.
- 阐明 lncRNAs 在素生物合成和木材形成中的调节作用.
主要方法:
- 发育和成熟的西莱姆的高通量测序.
- 对lncRNA和mRNA表达数据的生物信息分析.
- 基因本体学 (GO) 和基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 路径丰富分析.
- 定量实时PCR (qRT-PCR) 验证.量化实时PCR验证.
主要成果:
- 鉴定了 14,028 个假定的 lncRNA 转录,其中 4525 个在发育和成熟的树叶之间分别表达 (DEL).
- 在与烯和素生物合成,粉/糖糖代谢相关的途径中,DELs被丰富.
- 发现特定的lncRNAs调节了素生物合成和纤维素/xylan通路中的关键基因.
- 使用qRT-PCR验证了34个lncRNA-mRNA对.
结论:
- lncRNAs在植物体发育和木材形成中起着重要的调节作用.
- 这项研究为了解木材生物合成中的lncRNA介导基因调节提供了基础.
- 已识别的 lncRNAs 提供了木材质量的基因改进的潜在目标.
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