通过尿液细胞外囊捕获脏转录组 - - 从分析前障碍到生物标志物研究

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 尿液细胞外囊泡 (uEV) 为生殖尿路疾病提供非侵入性RNA生物标志物.
• 缺乏对参考基因和预分析变量影响的知识,阻碍了UEV生物标志物研究.

研究的目的:

• 评估尿液储存温度和隔离工作流程对UEVs中关联RNA的影响.
• 在不同的UEV数据集中识别稳定的信使RNA (mRNA) 参考基因,以实现生物标志物正常化.

主要方法:

• 分析了来自健康个体和前列腺癌或1型糖尿病患者的9个RNA测序数据集.
• 专注于关联RNAs,包括糖尿病病 (DKD) 关联的微RNAs (miRNAs).
• 使用表达热图,等级聚类和基于规范计数和变化系数的稳定mRNA的选择进行RNA分析.

主要成果:

• 在-20°C储存尿液后,与-80°C相比,关联RNA减少.
• 不同的隔离工作流程在捕获关联RNA时表现出不同的效率.
• 超离心成功地分离了与DKD相关的小RNA,从而区分了健康和糖尿病的大albuminuria群体.
• 在所有分析的UEV数据集中,有11个mRNA表达稳定.

结论:

• 分析前的选择显著影响了UEVs中脏链接RNA的检测.
• 与全球相关性分析一起分析关联RNA可以揭示微妙的差异.
• 已识别的稳定参考mRNA和验证的DKD标志物支持uEV生物标志物研究的进步.