共识基因网络分析确定了在感染白虫 (Candida albicans) 后内皮细胞和上皮细胞动态的关键相似之处和差异
Surabhi Naik1, Akram Mohammed2
1Department of Surgery, College of Medicine, University of Tennessee Health Science Center, Memphis, TN 38103, USA.
International journal of molecular sciences
|July 29, 2023
概括
这项研究揭示了Candida albicans感染期间内皮细胞和上皮细胞中明显的基因表达模式,突出了关键的信号通路和代谢过程. 了解这些差异为真菌感染提供了新的治疗点.
科学领域:
- 微生物学和免疫学
- 细胞生物学 细胞生物学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
背景情况:
- 内皮和上皮细胞对于对抗白 Candida 的宿主防御至关重要.
- 细胞对C. albicans的反应涉及复杂的信号传递和基因表达变化.
- 了解细胞特异性相互作用对于开发新的抗真菌疗法至关重要.
研究的目的:
- 在C. albicans感染期间比较人类内皮细胞和口腔上皮细胞之间的转录组差异和相似之处.
- 识别关键的信号通路和参与宿主防御的分子参与者.
- 为了发现C. albicans感染的潜在治疗点.
主要方法:
- 共识加权基因同表达网络分析 (WGCNA) 应用于32个RNA-seq样本.
- 分析涉及将共识模块与内皮特异性模块联系起来,并确定连接的基因.
- 进行了功能丰富分析和蛋白质与蛋白质相互作用分析 (STRING,CytoHubba).
主要成果:
- 确定了14个不同的基因模块,红色模块与C. albicans感染有显著的相关性.
- 内皮细胞显示TNF,AGE-RAGE,MAPK和NF-κB信号通路的丰富.
- 皮质细胞在代谢途径 (糖解,酸盐,氨基酸,果糖,曼诺糖,维生素B6) 中富含,而线粒,亡,亡和缺氧在两者都是常见的.
结论:
- 在对C. albicans的反应中,内皮细胞和上皮细胞之间存在显著的转录组差异.
- 确定了内皮细胞中的STAT3和NFKB2,以及上皮细胞中的HK2和LDHA等关键枢纽基因.
- 这些发现为C. albicans的发病过程提供了新的见解,并提出了潜在的治疗策略.
